조선 태종 시절에 새 도읍지인서울의 남대문근처에 가게를 빌려준 것이 시초라고 알려져 있다.
선조 시절에는 포,전의 출납을 담당하던선혜청이 남창동에 설치됨에 따라 지방의 특산물을 판매하는 시장이 자연스럽게 형성된데서 유래했다고 전해진다.
그후 남대문 시장은 1921년 3월 송병준이 조선농업주식회사를 설립하면서 정식으로 개시 되었다.
남대문 시장의 초기의 거래물품은 미곡, 어류 ,잡화,과실등이 있는데 주로 거래되는 물품은 곡물류 였다.
8.15해방후에는 남대문시장연합회가 운영했으나 6.25전쟁으로 폐허가 되었다가 서울이 수복된 이후 다시 미군의 군용 원조 물자를 중심으로 시장이 형성되어 활기를 띠게 되었다.
오늘날은 현대적인 백화점등에 밀려 점차 재래시장이 위축되어 가고 있으나 나름데로 현대화고급화를 이루기 위해 애쓰고 있다.